Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 TSPY5P-201ENST00000426936 936 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 SNCB-205ENST00000510387 730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 FAM86EP-206ENST00000510506 987 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 CD320-202ENST00000537716 1119 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 GGCT-202ENST00000275428 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 AF186192.2-201ENST00000524514 423 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 PSMD9-208ENST00000542602 516 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC24.04■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 AC093458.2-201ENST00000623150 629 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 UNKL-202ENST00000301712 1431 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 AL450487.1-201ENST00000426799 995 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC24.02■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 C1QTNF8-202ENST00000621771 897 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
ZNF541Q9H0D2 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 AGTRAP-201ENST00000314340 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 SNHG7-203ENST00000436596 509 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 IER3-202ENST00000376377 1350 ntBASIC24■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 AC008040.2-201ENST00000461049 708 ntBASIC24■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 COX11P1-201ENST00000489116 835 ntBASIC24■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 TXNL4A-211ENST00000592837 611 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 RNASET2-213ENST00000611959 1124 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 AL121956.5-201ENST00000625261 221 ntBASIC24■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 BET1L-202ENST00000332865 533 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 CATIP-AS1-202ENST00000441749 480 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 MUC1-212ENST00000457295 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
ZNF541Q9H0D2 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.4 ms