Protein–RNA interactions for Protein: P18828

Sdc1, Syndecan-1, mousemouse

Predictions only

Length 311 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sdc1P18828 Gm11613-201ENSMUST00000134427 1971 ntTSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
Sdc1P18828 AC122428.3-201ENSMUST00000215551 2290 ntBASIC19.6■□□□□ 0.73
Sdc1P18828 Ddx43-201ENSMUST00000113367 2207 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
Sdc1P18828 Tspan33-201ENSMUST00000046750 1994 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
Sdc1P18828 Smad2-202ENSMUST00000091831 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
Sdc1P18828 Cenpv-201ENSMUST00000018653 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
Sdc1P18828 Hoxd9-201ENSMUST00000059272 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
Sdc1P18828 Dync1i1-203ENSMUST00000115556 2718 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
Sdc1P18828 Jmy-202ENSMUST00000220513 1843 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
Sdc1P18828 Ctdspl-201ENSMUST00000073109 4589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
Sdc1P18828 1700026D11Rik-201ENSMUST00000126910 2033 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
Sdc1P18828 St7-205ENSMUST00000081635 2115 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
Sdc1P18828 Ablim1-208ENSMUST00000111544 2231 ntTSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
Sdc1P18828 Artn-201ENSMUST00000070816 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
Sdc1P18828 Tfeb-202ENSMUST00000086932 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
Sdc1P18828 Spats2-201ENSMUST00000063517 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
Sdc1P18828 Ccdc9-201ENSMUST00000041010 2379 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
Sdc1P18828 Rbms1-202ENSMUST00000112509 1806 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
Sdc1P18828 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
Sdc1P18828 Tmem143-201ENSMUST00000069772 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
Sdc1P18828 Mat2b-201ENSMUST00000040167 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
Sdc1P18828 Elf2-204ENSMUST00000108053 2611 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
Sdc1P18828 Ints11-202ENSMUST00000120794 1884 ntTSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
Sdc1P18828 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC19.54■□□□□ 0.72
Sdc1P18828 Evl-201ENSMUST00000021689 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
Sdc1P18828 Rmnd5a-201ENSMUST00000002292 6165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
Sdc1P18828 Ube2m-201ENSMUST00000005714 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
Sdc1P18828 Tsg101-201ENSMUST00000014546 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
Sdc1P18828 Epop-201ENSMUST00000052281 2314 ntAPPRIS P1 BASIC19.52■□□□□ 0.72
Sdc1P18828 Ptpn4-203ENSMUST00000163435 2365 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
Sdc1P18828 Emid1-201ENSMUST00000062821 1947 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
Sdc1P18828 Ywhaq-202ENSMUST00000103002 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
Sdc1P18828 Insc-208ENSMUST00000169913 2321 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
Sdc1P18828 Phf2-201ENSMUST00000035540 5494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Sdc1P18828 Rundc3b-202ENSMUST00000115378 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
Sdc1P18828 Micu2-201ENSMUST00000022543 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Sdc1P18828 Egr4-201ENSMUST00000095759 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Sdc1P18828 Actr3b-202ENSMUST00000128727 2031 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Sdc1P18828 Efna2-201ENSMUST00000003154 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Sdc1P18828 Mapk1-203ENSMUST00000115731 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Sdc1P18828 Ubtf-210ENSMUST00000174302 4692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
Sdc1P18828 Hmx1-201ENSMUST00000087674 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
Sdc1P18828 Igfbp3-201ENSMUST00000020702 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
Sdc1P18828 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC19.47■□□□□ 0.71
Sdc1P18828 Rhou-201ENSMUST00000045487 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
Sdc1P18828 Klhl22-201ENSMUST00000117192 2754 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
Sdc1P18828 Dvl1-208ENSMUST00000168552 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
Sdc1P18828 Ptx3-201ENSMUST00000029421 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
Sdc1P18828 Rheb-201ENSMUST00000030787 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
Sdc1P18828 Mgrn1-201ENSMUST00000023159 3293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
Sdc1P18828 Mgrn1-202ENSMUST00000070658 3290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
Sdc1P18828 Msl2-202ENSMUST00000189616 2612 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
Sdc1P18828 Phf14-203ENSMUST00000115511 3336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.45■□□□□ 0.7
Sdc1P18828 Tmem260-210ENSMUST00000227440 2222 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
Sdc1P18828 Lmo2-202ENSMUST00000111140 1706 ntTSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
Sdc1P18828 Slc25a33-201ENSMUST00000105686 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
Sdc1P18828 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.44■□□□□ 0.7
Sdc1P18828 Evl-202ENSMUST00000077735 2121 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
Sdc1P18828 Phlda1-201ENSMUST00000164773 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
Sdc1P18828 Ube2q1-201ENSMUST00000038356 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
Sdc1P18828 Fam181b-201ENSMUST00000051179 2003 ntAPPRIS P1 BASIC19.44■□□□□ 0.7
Sdc1P18828 Ctage5-203ENSMUST00000170992 2785 ntTSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
Sdc1P18828 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
Sdc1P18828 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
Sdc1P18828 Trim3-202ENSMUST00000106789 2841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
Sdc1P18828 D030046N08Rik-201ENSMUST00000162318 1570 ntTSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
Sdc1P18828 Phlpp1-201ENSMUST00000061047 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
Sdc1P18828 Tor1a-201ENSMUST00000028200 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
Sdc1P18828 Popdc3-201ENSMUST00000019994 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
Sdc1P18828 Popdc3-202ENSMUST00000161803 1369 ntTSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
Sdc1P18828 Impdh1-201ENSMUST00000078155 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
Sdc1P18828 Kcnc3-203ENSMUST00000207493 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.4■□□□□ 0.7
Sdc1P18828 Rab21-201ENSMUST00000020343 4602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
Sdc1P18828 Slc35a3-202ENSMUST00000120120 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
Sdc1P18828 Tmem235-201ENSMUST00000093905 1820 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.4■□□□□ 0.7
Sdc1P18828 Adra1d-201ENSMUST00000103184 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
Sdc1P18828 Lsm14b-201ENSMUST00000055485 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
Sdc1P18828 Ctage5-211ENSMUST00000176322 2649 ntTSL 5 BASIC19.39■□□□□ 0.7
Sdc1P18828 Drd4-201ENSMUST00000026569 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.7
Sdc1P18828 Tmpo-204ENSMUST00000099355 1953 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.7
Sdc1P18828 Vdac1-202ENSMUST00000102758 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
Sdc1P18828 St6galnac6-205ENSMUST00000113290 2402 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
Sdc1P18828 Foxo6-201ENSMUST00000102656 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
Sdc1P18828 Irx1-201ENSMUST00000077337 2373 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
Sdc1P18828 Mapk15-201ENSMUST00000089669 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
Sdc1P18828 Gm7334-201ENSMUST00000061681 1356 ntAPPRIS P1 BASIC19.37■□□□□ 0.69
Sdc1P18828 Dact1-202ENSMUST00000150639 2448 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.37■□□□□ 0.69
Sdc1P18828 Upf3a-201ENSMUST00000043767 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
Sdc1P18828 Smarcc1-201ENSMUST00000088716 5717 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
Sdc1P18828 Pcf11-205ENSMUST00000208255 1720 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
Sdc1P18828 Trafd1-201ENSMUST00000042312 2503 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
Sdc1P18828 Pgbd5-204ENSMUST00000140012 3222 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
Sdc1P18828 Ltk-201ENSMUST00000028759 3080 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
Sdc1P18828 Armc10-201ENSMUST00000072896 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
Sdc1P18828 Slc17a7-201ENSMUST00000085374 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
Sdc1P18828 Ip6k1-208ENSMUST00000176854 2251 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
Sdc1P18828 Smox-201ENSMUST00000028806 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
Sdc1P18828 Ubac1-201ENSMUST00000036509 1852 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
Sdc1P18828 Cln6-201ENSMUST00000034776 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
Sdc1P18828 B3gat1-201ENSMUST00000115269 1665 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15.8 ms