Protein–RNA interactions for Protein: P18828

Sdc1, Syndecan-1, mousemouse

Predictions only

Length 311 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sdc1P18828 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,51■■■□□ 2,16
Sdc1P18828 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27,45■■□□□ 1,99
Sdc1P18828 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,32■■□□□ 1,96
Sdc1P18828 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,24■■□□□ 1,95
Sdc1P18828 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC26,94■■□□□ 1,9
Sdc1P18828 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,82■■□□□ 1,88
Sdc1P18828 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25,76■■□□□ 1,72
Sdc1P18828 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,75■■□□□ 1,71
Sdc1P18828 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC25,73■■□□□ 1,71
Sdc1P18828 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,63■■□□□ 1,69
Sdc1P18828 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,53■■□□□ 1,68
Sdc1P18828 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25,51■■□□□ 1,67
Sdc1P18828 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,48■■□□□ 1,67
Sdc1P18828 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,46■■□□□ 1,67
Sdc1P18828 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC25,24■■□□□ 1,63
Sdc1P18828 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,24■■□□□ 1,63
Sdc1P18828 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,21■■□□□ 1,63
Sdc1P18828 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC25,18■■□□□ 1,62
Sdc1P18828 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,75■■□□□ 1,55
Sdc1P18828 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24,63■■□□□ 1,53
Sdc1P18828 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC24,58■■□□□ 1,53
Sdc1P18828 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC24,57■■□□□ 1,52
Sdc1P18828 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24,51■■□□□ 1,51
Sdc1P18828 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,51■■□□□ 1,51
Sdc1P18828 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC24,47■■□□□ 1,51
Sdc1P18828 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24,46■■□□□ 1,51
Sdc1P18828 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,43■■□□□ 1,5
Sdc1P18828 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,42■■□□□ 1,5
Sdc1P18828 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24,38■■□□□ 1,49
Sdc1P18828 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC24,36■■□□□ 1,49
Sdc1P18828 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC24,36■■□□□ 1,49
Sdc1P18828 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,23■■□□□ 1,47
Sdc1P18828 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,08■■□□□ 1,45
Sdc1P18828 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC23,95■■□□□ 1,42
Sdc1P18828 Epcam-201ENSMUST00000053577 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23,94■■□□□ 1,42
Sdc1P18828 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23,91■■□□□ 1,42
Sdc1P18828 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC23,9■■□□□ 1,42
Sdc1P18828 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23,9■■□□□ 1,42
Sdc1P18828 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23,85■■□□□ 1,41
Sdc1P18828 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23,81■■□□□ 1,4
Sdc1P18828 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC23,77■■□□□ 1,4
Sdc1P18828 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23,73■■□□□ 1,39
Sdc1P18828 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC23,67■■□□□ 1,38
Sdc1P18828 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC23,67■■□□□ 1,38
Sdc1P18828 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23,63■■□□□ 1,37
Sdc1P18828 Hnrnpa0-201ENSMUST00000007980 2678 ntAPPRIS P1 BASIC23,57■■□□□ 1,36
Sdc1P18828 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23,57■■□□□ 1,36
Sdc1P18828 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23,52■■□□□ 1,35
Sdc1P18828 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23,48■■□□□ 1,35
Sdc1P18828 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC23,42■■□□□ 1,34
Sdc1P18828 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC23,38■■□□□ 1,33
Sdc1P18828 Rundc3a-201ENSMUST00000006750 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23,37■■□□□ 1,33
Sdc1P18828 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23,36■■□□□ 1,33
Sdc1P18828 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23,35■■□□□ 1,33
Sdc1P18828 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23,33■■□□□ 1,33
Sdc1P18828 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC23,33■■□□□ 1,33
Sdc1P18828 Wsb2-201ENSMUST00000031309 2421 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23,33■■□□□ 1,33
Sdc1P18828 Cxxc4-203ENSMUST00000181904 5694 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23,3■■□□□ 1,32
Sdc1P18828 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23,3■■□□□ 1,32
Sdc1P18828 Fam241a-202ENSMUST00000199273 2234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23,27■■□□□ 1,31
Sdc1P18828 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC23,22■■□□□ 1,31
Sdc1P18828 St3gal5-201ENSMUST00000069994 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23,22■■□□□ 1,31
Sdc1P18828 Tmeff1-201ENSMUST00000030032 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23,19■■□□□ 1,3
Sdc1P18828 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23,18■■□□□ 1,3
Sdc1P18828 Fndc10-201ENSMUST00000099265 2140 ntAPPRIS P1 BASIC23,16■■□□□ 1,3
Sdc1P18828 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23,14■■□□□ 1,29
Sdc1P18828 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23,14■■□□□ 1,29
Sdc1P18828 Gm26859-201ENSMUST00000181743 1852 ntTSL 5 BASIC23,13■■□□□ 1,29
Sdc1P18828 Fam196a-201ENSMUST00000171394 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23,11■■□□□ 1,29
Sdc1P18828 Ldb1-207ENSMUST00000156585 2014 ntTSL 1 (best) BASIC23,09■■□□□ 1,29
Sdc1P18828 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23,06■■□□□ 1,28
Sdc1P18828 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23,06■■□□□ 1,28
Sdc1P18828 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23,04■■□□□ 1,28
Sdc1P18828 Ap1ar-210ENSMUST00000200409 2580 ntTSL 5 BASIC23,03■■□□□ 1,28
Sdc1P18828 Ccdc9-202ENSMUST00000118976 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23,02■■□□□ 1,28
Sdc1P18828 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23,01■■□□□ 1,27
Sdc1P18828 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC22,99■■□□□ 1,27
Sdc1P18828 Nrg3-202ENSMUST00000168810 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22,97■■□□□ 1,27
Sdc1P18828 Reps1-206ENSMUST00000154718 2402 ntTSL 5 BASIC22,96■■□□□ 1,27
Sdc1P18828 Rpia-201ENSMUST00000066134 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22,93■■□□□ 1,26
Sdc1P18828 Dlx4-201ENSMUST00000021241 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22,87■■□□□ 1,25
Sdc1P18828 Adgrb2-207ENSMUST00000120204 5170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22,85■■□□□ 1,25
Sdc1P18828 Hoxd8-201ENSMUST00000019749 2634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22,85■■□□□ 1,25
Sdc1P18828 Rnf215-201ENSMUST00000003677 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22,84■■□□□ 1,25
Sdc1P18828 Zxdb-201ENSMUST00000101388 5619 ntAPPRIS P1 BASIC22,84■■□□□ 1,25
Sdc1P18828 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22,81■■□□□ 1,24
Sdc1P18828 Dennd1b-209ENSMUST00000200533 1853 ntTSL 1 (best) BASIC22,78■■□□□ 1,24
Sdc1P18828 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22,77■■□□□ 1,24
Sdc1P18828 Ctbp1-206ENSMUST00000201575 2091 ntTSL 1 (best) BASIC22,77■■□□□ 1,23
Sdc1P18828 Gnai2-201ENSMUST00000055704 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22,76■■□□□ 1,23
Sdc1P18828 Ywhaz-204ENSMUST00000110362 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22,66■■□□□ 1,22
Sdc1P18828 Orai1-202ENSMUST00000121652 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22,66■■□□□ 1,22
Sdc1P18828 Cadm4-201ENSMUST00000068023 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22,65■■□□□ 1,22
Sdc1P18828 Tlx1-201ENSMUST00000026236 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22,62■■□□□ 1,21
Sdc1P18828 Gm42517-201ENSMUST00000197216 1850 ntAPPRIS P1 BASIC22,61■■□□□ 1,21
Sdc1P18828 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22,54■■□□□ 1,2
Sdc1P18828 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22,48■■□□□ 1,19
Sdc1P18828 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22,47■■□□□ 1,19
Sdc1P18828 Ryk-203ENSMUST00000175883 2505 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22,43■■□□□ 1,18
Sdc1P18828 AC153504.1-201ENSMUST00000218379 2290 ntBASIC22,43■■□□□ 1,18
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15,8 ms