Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 C2CD2-202ENST00000380486 6345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 PHKA1-204ENST00000373545 6173 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 AGFG2-201ENST00000300176 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 RREB1-203ENST00000379933 5826 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 ZNRF1-202ENST00000335325 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.1 ms