Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC26.64■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC26.63■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.63■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC26.63■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC26.63■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC26.63■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.63■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC26.62■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC26.62■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 LCN8-201ENST00000371688 867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC26.61■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC26.61■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC26.6■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC26.58■■□□□ 1.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.2 ms