Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 FLT1-207ENST00000615840 6453 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.8 ms