Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 PBXIP1-201ENST00000368460 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 AC010336.4-201ENST00000595655 438 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 AC006011.2-201ENST00000621313 1158 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 AL596442.1-201ENST00000429305 429 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.1 ms