Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 HLA-G-202ENST00000376815 851 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 HLA-G-203ENST00000376818 1127 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC20.52■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.6 ms