Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 SLC9A6-202ENST00000370698 4631 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 PHLDA1-202ENST00000602540 5741 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 AC125437.2-201ENST00000625180 2167 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 PKD2-201ENST00000237596 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 IRS2-201ENST00000375856 8138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS39Q96JC1 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.2 ms