Protein–RNA interactions for Protein: Q53F19

NCBP3, Nuclear cap-binding protein subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 620 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NCBP3Q53F19 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 HMGB3P14-201ENST00000494195 599 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC26.3■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 SULT1A1-211ENST00000569554 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC26.29■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 LRTM1-201ENST00000273286 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC26.28■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC26.28■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.27■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
NCBP3Q53F19 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC26.25■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 EIF2B1-204ENST00000537073 1768 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC26.25■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC26.24■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
NCBP3Q53F19 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 276.7 ms