Protein–RNA interactions for Protein: Q13342

SP140, Nuclear body protein SP140, humanhuman

Predictions only

Length 867 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SP140Q13342 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
SP140Q13342 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
SP140Q13342 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.72
SP140Q13342 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.72
SP140Q13342 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.58■□□□□ 0.72
SP140Q13342 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.72
SP140Q13342 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.72
SP140Q13342 LENG9-203ENST00000611161 1916 ntAPPRIS P1 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SP140Q13342 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SP140Q13342 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
SP140Q13342 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
SP140Q13342 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SP140Q13342 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
SP140Q13342 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
SP140Q13342 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
SP140Q13342 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
SP140Q13342 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SP140Q13342 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SP140Q13342 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
SP140Q13342 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SP140Q13342 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SP140Q13342 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SP140Q13342 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
SP140Q13342 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
SP140Q13342 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SP140Q13342 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SP140Q13342 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
SP140Q13342 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
SP140Q13342 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
SP140Q13342 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
SP140Q13342 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
SP140Q13342 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
SP140Q13342 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC19.56■□□□□ 0.72
SP140Q13342 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
SP140Q13342 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
SP140Q13342 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
SP140Q13342 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
SP140Q13342 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC19.56■□□□□ 0.72
SP140Q13342 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
SP140Q13342 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC19.56■□□□□ 0.72
SP140Q13342 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
SP140Q13342 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
SP140Q13342 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
SP140Q13342 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
SP140Q13342 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
SP140Q13342 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
SP140Q13342 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
SP140Q13342 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
SP140Q13342 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
SP140Q13342 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
SP140Q13342 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
SP140Q13342 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
SP140Q13342 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
SP140Q13342 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
SP140Q13342 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
SP140Q13342 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
SP140Q13342 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
SP140Q13342 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
SP140Q13342 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
SP140Q13342 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC19.55■□□□□ 0.72
SP140Q13342 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
SP140Q13342 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
SP140Q13342 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
SP140Q13342 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
SP140Q13342 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
SP140Q13342 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC19.55■□□□□ 0.72
SP140Q13342 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC19.54■□□□□ 0.72
SP140Q13342 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
SP140Q13342 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
SP140Q13342 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
SP140Q13342 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
SP140Q13342 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
SP140Q13342 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
SP140Q13342 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
SP140Q13342 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
SP140Q13342 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC19.54■□□□□ 0.72
SP140Q13342 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
SP140Q13342 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
SP140Q13342 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
SP140Q13342 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
SP140Q13342 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
SP140Q13342 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
SP140Q13342 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
SP140Q13342 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
SP140Q13342 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
SP140Q13342 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
SP140Q13342 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC19.54■□□□□ 0.72
SP140Q13342 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
SP140Q13342 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
SP140Q13342 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
SP140Q13342 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
SP140Q13342 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
SP140Q13342 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
SP140Q13342 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
SP140Q13342 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
SP140Q13342 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
SP140Q13342 EIF2B1-204ENST00000537073 1768 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
SP140Q13342 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
SP140Q13342 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
SP140Q13342 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.4 ms