Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIG1P18858 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIG1P18858 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIG1P18858 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
LIG1P18858 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIG1P18858 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
LIG1P18858 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIG1P18858 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIG1P18858 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
LIG1P18858 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIG1P18858 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIG1P18858 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIG1P18858 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIG1P18858 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIG1P18858 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIG1P18858 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIG1P18858 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG1P18858 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG1P18858 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG1P18858 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG1P18858 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG1P18858 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG1P18858 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG1P18858 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG1P18858 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG1P18858 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG1P18858 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG1P18858 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG1P18858 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG1P18858 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG1P18858 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG1P18858 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG1P18858 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG1P18858 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG1P18858 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG1P18858 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG1P18858 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG1P18858 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG1P18858 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG1P18858 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG1P18858 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG1P18858 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG1P18858 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG1P18858 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG1P18858 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG1P18858 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG1P18858 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG1P18858 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG1P18858 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG1P18858 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG1P18858 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG1P18858 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG1P18858 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG1P18858 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG1P18858 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG1P18858 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG1P18858 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG1P18858 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG1P18858 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG1P18858 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG1P18858 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG1P18858 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG1P18858 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG1P18858 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG1P18858 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIG1P18858 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIG1P18858 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIG1P18858 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIG1P18858 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIG1P18858 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIG1P18858 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIG1P18858 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIG1P18858 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIG1P18858 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
LIG1P18858 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIG1P18858 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIG1P18858 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIG1P18858 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIG1P18858 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIG1P18858 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIG1P18858 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIG1P18858 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIG1P18858 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIG1P18858 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIG1P18858 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIG1P18858 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIG1P18858 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIG1P18858 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIG1P18858 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIG1P18858 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIG1P18858 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
LIG1P18858 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIG1P18858 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
LIG1P18858 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
LIG1P18858 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIG1P18858 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIG1P18858 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
LIG1P18858 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
LIG1P18858 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIG1P18858 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.4 ms