Protein–RNA interactions for Protein: O43365

HOXA3, Homeobox protein Hox-A3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 443 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA3O43365 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
HOXA3O43365 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 MYO15B-232ENST00000610510 9195 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 XYLT1-201ENST00000261381 9891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 PHKA1-204ENST00000373545 6173 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 EVC-201ENST00000264956 6431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA3O43365 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.6 ms