Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 TTLL3-209ENST00000426895 2767 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 CACNA1B-205ENST00000371363 9758 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC15.95■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 DMRTA1-201ENST00000325870 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 KCNQ2-213ENST00000626839 9213 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 ADGRG2-208ENST00000379873 4698 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC15.94■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC15.94■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 AC125437.2-201ENST00000625180 2167 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 BRI3BP-201ENST00000341446 6648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 SEMA3C-201ENST00000265361 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 PRSS36-202ENST00000418068 2446 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 EGFL7-203ENST00000371699 2125 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 LDHAL6A-202ENST00000396213 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 NIPAL2-202ENST00000430223 4496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC15.93■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 KSR1-205ENST00000509603 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC15.93■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 EDA-203ENST00000374552 5278 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 ZNF710-201ENST00000268154 4617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 ADGRG2-209ENST00000379876 4779 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 THAP7-AS1-203ENST00000452284 2298 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 ELOC-209ENST00000602840 2780 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC15.92■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 C2CD2L-201ENST00000336702 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 NIPAL2-201ENST00000341166 4581 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.6 ms