Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 POU3F2-201ENST00000328345 4879 ntAPPRIS P1 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC42Q96M95 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 ZFP92-201ENST00000338647 6105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 RBM26-202ENST00000438724 5152 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 MYH14-206ENST00000596571 5988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 CDC42EP1-201ENST00000249014 2181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC42Q96M95 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.5 ms