Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.61■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC30.61■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC30.61■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.61■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC30.61■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC30.61■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC30.6■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.6■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.6■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.6■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.6■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC30.6■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC30.6■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.6■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC30.6■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC30.6■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.6■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC30.6■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.59■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC30.59■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC30.59■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC30.59■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC30.59■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC30.59■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.58■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC30.57■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC30.57■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 AL133410.2-201ENST00000425499 696 ntTSL 5 BASIC30.57■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC30.57■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC30.57■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC30.57■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC30.57■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC30.57■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC30.57■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC30.57■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC30.57■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC30.57■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.57■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.57■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.57■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.57■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC30.57■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC30.57■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC30.56■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC30.56■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.56■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC30.56■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC30.56■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC30.56■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC30.56■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC30.56■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.55■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.55■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC30.55■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC30.55■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC30.55■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.55■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC30.55■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC30.55■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC30.55■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.55■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC30.55■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC30.54■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.54■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC30.54■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC30.54■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC30.54■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC30.54■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC30.54■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.54■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.54■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.54■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.54■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.53■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.53■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC30.53■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
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