Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 AQP12A-202ENST00000429564 1110 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 SNHG7-203ENST00000436596 509 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 MED30-201ENST00000297347 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 PPP1R14BP5-201ENST00000440334 435 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 CD320-202ENST00000537716 1119 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 PP7080-204ENST00000510714 601 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 AC116407.4-201ENST00000623319 1061 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 AC026396.1-201ENST00000419388 421 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 AC098864.1-204ENST00000513752 805 ntTSL 4 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 CHCHD3-203ENST00000448878 1038 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 MUC1-212ENST00000457295 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 BVES-AS1-203ENST00000580511 853 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SCN4AP35499 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.8 ms