Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.6 ms