Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 RREB1-203ENST00000379933 5826 ntTSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 KLHL29-203ENST00000486442 5287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.73■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 AC026362.1-201ENST00000540866 5618 ntTSL 2 BASIC19.73■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC19.73■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC19.73■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC19.73■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC19.73■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC19.73■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.73■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.73■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.72■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.72■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC19.72■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC19.72■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.72■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC19.72■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC19.72■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.72■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.72■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 EVC-201ENST00000264956 6431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.71■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC19.71■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC19.71■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC19.71■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC19.71■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC19.71■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC19.71■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 RIMBP3-201ENST00000619918 6105 ntAPPRIS P1 BASIC19.71■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC19.71■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.71■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC3Q9BQI4 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC19.7■□□□□ 0.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.6 ms