Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 FSTL1-201ENST00000295633 5943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 NRXN1-208ENST00000405472 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 DLG3-202ENST00000374355 5074 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 CADPS2-208ENST00000615869 6066 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 RIMKLB-202ENST00000357529 5830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS39Q96JC1 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 93.8 ms