Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
CUX1P39880 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
CUX1P39880 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
CUX1P39880 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC34.19■■■■□ 3.06
CUX1P39880 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC34.19■■■■□ 3.06
CUX1P39880 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
CUX1P39880 AC098829.1-201ENST00000502344 630 ntTSL 3 BASIC34.19■■■■□ 3.06
CUX1P39880 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
CUX1P39880 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
CUX1P39880 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
CUX1P39880 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC34.18■■■■□ 3.06
CUX1P39880 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
CUX1P39880 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.18■■■■□ 3.06
CUX1P39880 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
CUX1P39880 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
CUX1P39880 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC34.17■■■■□ 3.06
CUX1P39880 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.17■■■■□ 3.06
CUX1P39880 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
CUX1P39880 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC34.17■■■■□ 3.06
CUX1P39880 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC34.17■■■■□ 3.06
CUX1P39880 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC34.17■■■■□ 3.06
CUX1P39880 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC34.17■■■■□ 3.06
CUX1P39880 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.17■■■■□ 3.06
CUX1P39880 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
CUX1P39880 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC34.17■■■■□ 3.06
CUX1P39880 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.17■■■■□ 3.06
CUX1P39880 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
CUX1P39880 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
CUX1P39880 POMZP3-201ENST00000275569 1259 ntTSL 2 BASIC34.16■■■■□ 3.06
CUX1P39880 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
CUX1P39880 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC34.16■■■■□ 3.06
CUX1P39880 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.16■■■■□ 3.06
CUX1P39880 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.16■■■■□ 3.06
CUX1P39880 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
CUX1P39880 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
CUX1P39880 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
CUX1P39880 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC34.15■■■■□ 3.06
CUX1P39880 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
CUX1P39880 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC34.15■■■■□ 3.06
CUX1P39880 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
CUX1P39880 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
CUX1P39880 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
CUX1P39880 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC34.15■■■■□ 3.06
CUX1P39880 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
CUX1P39880 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC34.14■■■■□ 3.06
CUX1P39880 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC34.14■■■■□ 3.06
CUX1P39880 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC34.14■■■■□ 3.06
CUX1P39880 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
CUX1P39880 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
CUX1P39880 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
CUX1P39880 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC34.14■■■■□ 3.06
CUX1P39880 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC34.14■■■■□ 3.06
CUX1P39880 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
CUX1P39880 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
CUX1P39880 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC34.14■■■■□ 3.06
CUX1P39880 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC34.13■■■■□ 3.05
CUX1P39880 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
CUX1P39880 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.13■■■■□ 3.05
CUX1P39880 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
CUX1P39880 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
CUX1P39880 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
CUX1P39880 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
CUX1P39880 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.13■■■■□ 3.05
CUX1P39880 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC34.12■■■■□ 3.05
CUX1P39880 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.12■■■■□ 3.05
CUX1P39880 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
CUX1P39880 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
CUX1P39880 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
CUX1P39880 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
CUX1P39880 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
CUX1P39880 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.12■■■■□ 3.05
CUX1P39880 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
CUX1P39880 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC34.12■■■■□ 3.05
CUX1P39880 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
CUX1P39880 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
CUX1P39880 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC34.12■■■■□ 3.05
CUX1P39880 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
CUX1P39880 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC34.12■■■■□ 3.05
CUX1P39880 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
CUX1P39880 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
CUX1P39880 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
CUX1P39880 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
CUX1P39880 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC34.11■■■■□ 3.05
CUX1P39880 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC34.11■■■■□ 3.05
CUX1P39880 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
CUX1P39880 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC34.11■■■■□ 3.05
CUX1P39880 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC34.11■■■■□ 3.05
CUX1P39880 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC34.11■■■■□ 3.05
CUX1P39880 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
CUX1P39880 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC34.11■■■■□ 3.05
CUX1P39880 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
CUX1P39880 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC34.11■■■■□ 3.05
CUX1P39880 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC34.11■■■■□ 3.05
CUX1P39880 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
CUX1P39880 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC34.1■■■■□ 3.05
CUX1P39880 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.1■■■■□ 3.05
CUX1P39880 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC34.1■■■■□ 3.05
CUX1P39880 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC34.1■■■■□ 3.05
CUX1P39880 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
CUX1P39880 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.4 ms