Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 HLA-G-202ENST00000376815 851 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 HLA-G-203ENST00000376818 1127 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMARCA1P28370 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms