Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC18.29■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 AL034417.2-201ENST00000445300 2044 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 TMEM235-202ENST00000421688 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC18.27■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.3 ms