Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.36■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.64
TRIM28Q13263 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.64
TRIM28Q13263 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
TRIM28Q13263 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM28Q13263 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM28Q13263 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM28Q13263 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM28Q13263 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM28Q13263 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM28Q13263 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM28Q13263 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM28Q13263 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM28Q13263 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM28Q13263 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM28Q13263 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM28Q13263 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM28Q13263 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM28Q13263 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM28Q13263 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM28Q13263 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM28Q13263 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM28Q13263 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM28Q13263 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM28Q13263 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM28Q13263 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM28Q13263 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRIM28Q13263 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRIM28Q13263 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
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