Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

Predictions only

Length 963 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP4Q13107 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP4Q13107 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP4Q13107 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP4Q13107 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP4Q13107 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP4Q13107 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP4Q13107 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP4Q13107 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP4Q13107 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP4Q13107 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP4Q13107 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP4Q13107 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP4Q13107 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP4Q13107 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP4Q13107 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
USP4Q13107 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP4Q13107 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP4Q13107 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP4Q13107 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP4Q13107 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP4Q13107 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP4Q13107 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP4Q13107 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP4Q13107 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP4Q13107 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP4Q13107 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP4Q13107 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP4Q13107 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP4Q13107 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP4Q13107 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP4Q13107 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP4Q13107 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP4Q13107 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP4Q13107 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP4Q13107 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP4Q13107 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP4Q13107 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP4Q13107 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP4Q13107 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP4Q13107 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP4Q13107 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP4Q13107 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
USP4Q13107 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
USP4Q13107 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
USP4Q13107 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
USP4Q13107 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
USP4Q13107 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
USP4Q13107 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
USP4Q13107 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
USP4Q13107 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
USP4Q13107 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
USP4Q13107 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
USP4Q13107 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
USP4Q13107 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
USP4Q13107 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
USP4Q13107 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
USP4Q13107 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
USP4Q13107 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
USP4Q13107 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
USP4Q13107 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
USP4Q13107 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
USP4Q13107 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
USP4Q13107 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
USP4Q13107 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
USP4Q13107 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC21.18■□□□□ 0.98
USP4Q13107 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
USP4Q13107 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
USP4Q13107 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC21.18■□□□□ 0.98
USP4Q13107 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
USP4Q13107 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
USP4Q13107 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
USP4Q13107 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
USP4Q13107 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
USP4Q13107 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
USP4Q13107 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
USP4Q13107 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
USP4Q13107 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
USP4Q13107 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
USP4Q13107 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
USP4Q13107 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
USP4Q13107 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
USP4Q13107 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
USP4Q13107 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
USP4Q13107 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
USP4Q13107 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
USP4Q13107 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
USP4Q13107 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
USP4Q13107 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
USP4Q13107 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
USP4Q13107 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
USP4Q13107 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
USP4Q13107 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
USP4Q13107 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
USP4Q13107 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
USP4Q13107 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
USP4Q13107 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
USP4Q13107 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
USP4Q13107 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
USP4Q13107 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.1 ms