Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
CUX1P39880 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC34.29■■■■□ 3.08
CUX1P39880 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC34.29■■■■□ 3.08
CUX1P39880 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC34.29■■■■□ 3.08
CUX1P39880 AC010336.4-201ENST00000595655 438 ntTSL 5 BASIC34.29■■■■□ 3.08
CUX1P39880 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.28■■■■□ 3.08
CUX1P39880 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC34.28■■■■□ 3.08
CUX1P39880 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.28■■■■□ 3.08
CUX1P39880 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC34.28■■■■□ 3.08
CUX1P39880 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.28■■■■□ 3.08
CUX1P39880 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC34.28■■■■□ 3.08
CUX1P39880 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC34.27■■■■□ 3.08
CUX1P39880 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC34.27■■■■□ 3.08
CUX1P39880 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
CUX1P39880 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC34.27■■■■□ 3.08
CUX1P39880 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
CUX1P39880 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
CUX1P39880 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC34.27■■■■□ 3.08
CUX1P39880 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC34.27■■■■□ 3.08
CUX1P39880 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
CUX1P39880 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
CUX1P39880 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.26■■■■□ 3.08
CUX1P39880 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC34.26■■■■□ 3.08
CUX1P39880 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.26■■■■□ 3.08
CUX1P39880 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC34.26■■■■□ 3.08
CUX1P39880 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.26■■■■□ 3.08
CUX1P39880 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC34.26■■■■□ 3.08
CUX1P39880 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.26■■■■□ 3.07
CUX1P39880 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.26■■■■□ 3.07
CUX1P39880 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC34.26■■■■□ 3.07
CUX1P39880 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC34.26■■■■□ 3.07
CUX1P39880 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC34.26■■■■□ 3.07
CUX1P39880 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC34.25■■■■□ 3.07
CUX1P39880 AC134772.1-201ENST00000438872 885 ntTSL 3 BASIC34.25■■■■□ 3.07
CUX1P39880 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC34.25■■■■□ 3.07
CUX1P39880 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.25■■■■□ 3.07
CUX1P39880 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.25■■■■□ 3.07
CUX1P39880 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC34.25■■■■□ 3.07
CUX1P39880 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.25■■■■□ 3.07
CUX1P39880 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
CUX1P39880 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
CUX1P39880 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC34.25■■■■□ 3.07
CUX1P39880 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC34.25■■■■□ 3.07
CUX1P39880 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
CUX1P39880 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC34.25■■■■□ 3.07
CUX1P39880 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC34.25■■■■□ 3.07
CUX1P39880 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC34.25■■■■□ 3.07
CUX1P39880 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
CUX1P39880 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
CUX1P39880 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC34.24■■■■□ 3.07
CUX1P39880 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC34.24■■■■□ 3.07
CUX1P39880 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC34.24■■■■□ 3.07
CUX1P39880 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
CUX1P39880 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC34.24■■■■□ 3.07
CUX1P39880 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC34.24■■■■□ 3.07
CUX1P39880 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC34.24■■■■□ 3.07
CUX1P39880 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC34.23■■■■□ 3.07
CUX1P39880 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.23■■■■□ 3.07
CUX1P39880 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC34.23■■■■□ 3.07
CUX1P39880 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.23■■■■□ 3.07
CUX1P39880 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.23■■■■□ 3.07
CUX1P39880 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC34.23■■■■□ 3.07
CUX1P39880 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC34.23■■■■□ 3.07
CUX1P39880 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
CUX1P39880 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC34.22■■■■□ 3.07
CUX1P39880 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC34.22■■■■□ 3.07
CUX1P39880 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
CUX1P39880 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
CUX1P39880 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC34.22■■■■□ 3.07
CUX1P39880 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC34.21■■■■□ 3.07
CUX1P39880 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC34.21■■■■□ 3.07
CUX1P39880 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC34.21■■■■□ 3.07
CUX1P39880 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
CUX1P39880 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC34.21■■■■□ 3.07
CUX1P39880 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC34.21■■■■□ 3.07
CUX1P39880 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.21■■■■□ 3.07
CUX1P39880 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC34.21■■■■□ 3.07
CUX1P39880 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.21■■■■□ 3.07
CUX1P39880 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC34.21■■■■□ 3.07
CUX1P39880 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.21■■■■□ 3.07
CUX1P39880 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
CUX1P39880 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC34.2■■■■□ 3.07
CUX1P39880 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.07
CUX1P39880 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC34.2■■■■□ 3.07
CUX1P39880 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC34.2■■■■□ 3.07
CUX1P39880 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC34.2■■■■□ 3.07
CUX1P39880 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC34.2■■■■□ 3.07
CUX1P39880 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.07
CUX1P39880 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.07
CUX1P39880 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC34.2■■■■□ 3.07
CUX1P39880 P2RX3-204ENST00000616487 1346 ntTSL 5 BASIC34.2■■■■□ 3.07
CUX1P39880 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.07
CUX1P39880 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.07
CUX1P39880 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.06
CUX1P39880 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.06
CUX1P39880 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.06
CUX1P39880 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC34.2■■■■□ 3.06
CUX1P39880 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC34.2■■■■□ 3.06
CUX1P39880 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC34.2■■■■□ 3.06
CUX1P39880 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC34.19■■■■□ 3.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.2 ms