Protein–RNA interactions for Protein: P31269

HOXA9, Homeobox protein Hox-A9, humanhuman

Predictions only

Length 272 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA9P31269 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXA9P31269 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXA9P31269 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXA9P31269 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXA9P31269 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXA9P31269 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXA9P31269 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXA9P31269 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXA9P31269 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXA9P31269 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXA9P31269 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXA9P31269 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXA9P31269 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXA9P31269 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXA9P31269 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXA9P31269 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXA9P31269 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXA9P31269 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXA9P31269 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXA9P31269 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXA9P31269 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXA9P31269 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXA9P31269 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXA9P31269 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXA9P31269 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXA9P31269 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXA9P31269 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXA9P31269 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXA9P31269 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXA9P31269 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXA9P31269 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXA9P31269 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC21.2■□□□□ 0.99
HOXA9P31269 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXA9P31269 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.6 ms