Protein–RNA interactions for Protein: O43196

MSH5, MutS protein homolog 5, humanhuman

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH5O43196 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
MSH5O43196 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
MSH5O43196 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
MSH5O43196 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
MSH5O43196 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
MSH5O43196 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
MSH5O43196 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
MSH5O43196 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
MSH5O43196 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
MSH5O43196 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
MSH5O43196 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
MSH5O43196 CLDN11-207ENST00000486975 1139 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
MSH5O43196 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC27.21■■□□□ 1.95
MSH5O43196 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
MSH5O43196 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
MSH5O43196 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
MSH5O43196 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
MSH5O43196 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
MSH5O43196 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
MSH5O43196 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
MSH5O43196 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
MSH5O43196 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.95
MSH5O43196 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
MSH5O43196 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
MSH5O43196 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC27.2■■□□□ 1.94
MSH5O43196 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC27.2■■□□□ 1.94
MSH5O43196 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
MSH5O43196 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC27.2■■□□□ 1.94
MSH5O43196 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
MSH5O43196 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC27.2■■□□□ 1.94
MSH5O43196 AC087521.4-201ENST00000637427 289 ntTSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
MSH5O43196 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
MSH5O43196 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
MSH5O43196 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
MSH5O43196 CD1B-201ENST00000368168 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
MSH5O43196 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
MSH5O43196 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
MSH5O43196 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
MSH5O43196 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
MSH5O43196 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
MSH5O43196 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
MSH5O43196 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
MSH5O43196 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
MSH5O43196 PTPRC-202ENST00000367364 1017 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
MSH5O43196 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
MSH5O43196 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
MSH5O43196 ADAM3A-209ENST00000497806 1245 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
MSH5O43196 UCHL1-AS1-202ENST00000510073 451 ntTSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
MSH5O43196 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
MSH5O43196 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
MSH5O43196 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
MSH5O43196 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC27.19■■□□□ 1.94
MSH5O43196 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
MSH5O43196 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
MSH5O43196 AP003108.4-201ENST00000623917 878 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
MSH5O43196 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
MSH5O43196 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
MSH5O43196 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
MSH5O43196 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC27.19■■□□□ 1.94
MSH5O43196 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
MSH5O43196 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
MSH5O43196 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
MSH5O43196 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
MSH5O43196 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
MSH5O43196 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
MSH5O43196 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
MSH5O43196 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
MSH5O43196 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
MSH5O43196 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
MSH5O43196 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
MSH5O43196 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
MSH5O43196 AC021321.1-201ENST00000607397 1113 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
MSH5O43196 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
MSH5O43196 CDK7-215ENST00000629350 1149 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
MSH5O43196 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC27.18■■□□□ 1.94
MSH5O43196 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
MSH5O43196 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
MSH5O43196 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
MSH5O43196 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
MSH5O43196 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
MSH5O43196 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
MSH5O43196 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
MSH5O43196 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
MSH5O43196 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
MSH5O43196 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
MSH5O43196 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC27.17■■□□□ 1.94
MSH5O43196 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
MSH5O43196 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
MSH5O43196 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
MSH5O43196 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
MSH5O43196 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
MSH5O43196 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
MSH5O43196 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
MSH5O43196 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
MSH5O43196 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
MSH5O43196 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
MSH5O43196 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
MSH5O43196 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
MSH5O43196 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
MSH5O43196 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.3 ms