Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC21.64■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
USP41Q3LFD5 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP41Q3LFD5 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP41Q3LFD5 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP41Q3LFD5 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP41Q3LFD5 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP41Q3LFD5 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP41Q3LFD5 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
USP41Q3LFD5 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP41Q3LFD5 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP41Q3LFD5 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP41Q3LFD5 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP41Q3LFD5 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP41Q3LFD5 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP41Q3LFD5 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP41Q3LFD5 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP41Q3LFD5 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP41Q3LFD5 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP41Q3LFD5 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP41Q3LFD5 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
USP41Q3LFD5 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP41Q3LFD5 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP41Q3LFD5 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
USP41Q3LFD5 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP41Q3LFD5 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP41Q3LFD5 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP41Q3LFD5 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP41Q3LFD5 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP41Q3LFD5 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP41Q3LFD5 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP41Q3LFD5 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP41Q3LFD5 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP41Q3LFD5 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.7 ms