Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC15.71■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 KMT5B-201ENST00000304363 5837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 LGI2-201ENST00000382114 6428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC15.68■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC15.68■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.8 ms