Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.5 ms