Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC21.28■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.1 ms