Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC22.3■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PCIF1Q9H4Z3 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PCIF1Q9H4Z3 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PCIF1Q9H4Z3 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
PCIF1Q9H4Z3 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC22.26■■□□□ 1.15
PCIF1Q9H4Z3 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
PCIF1Q9H4Z3 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PCIF1Q9H4Z3 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PCIF1Q9H4Z3 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
PCIF1Q9H4Z3 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
PCIF1Q9H4Z3 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
PCIF1Q9H4Z3 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PCIF1Q9H4Z3 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PCIF1Q9H4Z3 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
PCIF1Q9H4Z3 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PCIF1Q9H4Z3 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PCIF1Q9H4Z3 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
PCIF1Q9H4Z3 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29 ms