Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC140Q96MF4 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC140Q96MF4 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC140Q96MF4 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC140Q96MF4 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC140Q96MF4 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC140Q96MF4 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC140Q96MF4 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC140Q96MF4 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC140Q96MF4 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC140Q96MF4 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC140Q96MF4 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC140Q96MF4 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC140Q96MF4 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC140Q96MF4 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC140Q96MF4 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC140Q96MF4 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC140Q96MF4 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC140Q96MF4 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC140Q96MF4 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC140Q96MF4 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC140Q96MF4 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC140Q96MF4 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC140Q96MF4 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC140Q96MF4 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC140Q96MF4 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC140Q96MF4 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC140Q96MF4 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC140Q96MF4 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC140Q96MF4 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC140Q96MF4 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC140Q96MF4 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC140Q96MF4 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC140Q96MF4 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC140Q96MF4 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.8 ms