Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 LGI2-201ENST00000382114 6428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 TLE3-201ENST00000317509 5207 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 EVC-201ENST00000264956 6431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 NR1D2-201ENST00000312521 5258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 ZFP92-201ENST00000338647 6105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 MACROD2-201ENST00000217246 4994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50 ms