Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
USP54Q70EL1 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC27.39■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC27.39■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC27.39■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC27.39■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP54Q70EL1 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.1 ms