Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC20.89■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC20.88■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.88■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC20.88■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC20.87■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.87■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.86■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC20.86■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC20.86■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.6 ms