Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms