Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC35■■■■□ 3.19
SHANK3Q9BYB0 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC34.99■■■■□ 3.19
SHANK3Q9BYB0 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.99■■■■□ 3.19
SHANK3Q9BYB0 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC34.99■■■■□ 3.19
SHANK3Q9BYB0 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC34.99■■■■□ 3.19
SHANK3Q9BYB0 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC34.98■■■■□ 3.19
SHANK3Q9BYB0 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC34.98■■■■□ 3.19
SHANK3Q9BYB0 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC34.98■■■■□ 3.19
SHANK3Q9BYB0 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC34.96■■■■□ 3.19
SHANK3Q9BYB0 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC34.96■■■■□ 3.19
SHANK3Q9BYB0 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC34.96■■■■□ 3.19
SHANK3Q9BYB0 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC34.96■■■■□ 3.19
SHANK3Q9BYB0 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC34.96■■■■□ 3.19
SHANK3Q9BYB0 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC34.96■■■■□ 3.19
SHANK3Q9BYB0 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC34.96■■■■□ 3.19
SHANK3Q9BYB0 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC34.96■■■■□ 3.19
SHANK3Q9BYB0 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC34.96■■■■□ 3.19
SHANK3Q9BYB0 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.95■■■■□ 3.19
SHANK3Q9BYB0 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.95■■■■□ 3.19
SHANK3Q9BYB0 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.95■■■■□ 3.19
SHANK3Q9BYB0 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.95■■■■□ 3.19
SHANK3Q9BYB0 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.95■■■■□ 3.18
SHANK3Q9BYB0 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC34.94■■■■□ 3.18
SHANK3Q9BYB0 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.94■■■■□ 3.18
SHANK3Q9BYB0 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.94■■■■□ 3.18
SHANK3Q9BYB0 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.92■■■■□ 3.18
SHANK3Q9BYB0 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.92■■■■□ 3.18
SHANK3Q9BYB0 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC34.92■■■■□ 3.18
SHANK3Q9BYB0 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC34.92■■■■□ 3.18
SHANK3Q9BYB0 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC34.9■■■■□ 3.18
SHANK3Q9BYB0 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC34.89■■■■□ 3.18
SHANK3Q9BYB0 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.89■■■■□ 3.18
SHANK3Q9BYB0 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC34.88■■■■□ 3.17
SHANK3Q9BYB0 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC34.87■■■■□ 3.17
SHANK3Q9BYB0 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC34.87■■■■□ 3.17
SHANK3Q9BYB0 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC34.86■■■■□ 3.17
SHANK3Q9BYB0 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC34.84■■■■□ 3.17
SHANK3Q9BYB0 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC34.84■■■■□ 3.17
SHANK3Q9BYB0 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.84■■■■□ 3.17
SHANK3Q9BYB0 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.83■■■■□ 3.17
SHANK3Q9BYB0 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.83■■■■□ 3.17
SHANK3Q9BYB0 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC34.83■■■■□ 3.17
SHANK3Q9BYB0 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC34.82■■■■□ 3.16
SHANK3Q9BYB0 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC34.81■■■■□ 3.16
SHANK3Q9BYB0 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC34.81■■■■□ 3.16
SHANK3Q9BYB0 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC34.8■■■■□ 3.16
SHANK3Q9BYB0 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC34.79■■■■□ 3.16
SHANK3Q9BYB0 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC34.79■■■■□ 3.16
SHANK3Q9BYB0 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC34.79■■■■□ 3.16
SHANK3Q9BYB0 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
SHANK3Q9BYB0 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
SHANK3Q9BYB0 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.77■■■■□ 3.16
SHANK3Q9BYB0 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC34.76■■■■□ 3.16
SHANK3Q9BYB0 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.76■■■■□ 3.16
SHANK3Q9BYB0 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC34.76■■■■□ 3.16
SHANK3Q9BYB0 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC34.75■■■■□ 3.15
SHANK3Q9BYB0 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.75■■■■□ 3.15
SHANK3Q9BYB0 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC34.75■■■■□ 3.15
SHANK3Q9BYB0 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.74■■■■□ 3.15
SHANK3Q9BYB0 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC34.72■■■■□ 3.15
SHANK3Q9BYB0 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC34.71■■■■□ 3.15
SHANK3Q9BYB0 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC34.71■■■■□ 3.15
SHANK3Q9BYB0 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.15
SHANK3Q9BYB0 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.7■■■■□ 3.15
SHANK3Q9BYB0 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
SHANK3Q9BYB0 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
SHANK3Q9BYB0 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC34.68■■■■□ 3.14
SHANK3Q9BYB0 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.68■■■■□ 3.14
SHANK3Q9BYB0 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC34.67■■■■□ 3.14
SHANK3Q9BYB0 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.67■■■■□ 3.14
SHANK3Q9BYB0 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC34.67■■■■□ 3.14
SHANK3Q9BYB0 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC34.66■■■■□ 3.14
SHANK3Q9BYB0 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
SHANK3Q9BYB0 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
SHANK3Q9BYB0 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC34.64■■■■□ 3.14
SHANK3Q9BYB0 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
SHANK3Q9BYB0 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
SHANK3Q9BYB0 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.61■■■■□ 3.13
SHANK3Q9BYB0 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
SHANK3Q9BYB0 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
SHANK3Q9BYB0 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
SHANK3Q9BYB0 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC34.61■■■■□ 3.13
SHANK3Q9BYB0 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
SHANK3Q9BYB0 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
SHANK3Q9BYB0 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
SHANK3Q9BYB0 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
SHANK3Q9BYB0 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
SHANK3Q9BYB0 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
SHANK3Q9BYB0 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC34.59■■■■□ 3.13
SHANK3Q9BYB0 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC34.59■■■■□ 3.13
SHANK3Q9BYB0 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC34.59■■■■□ 3.13
SHANK3Q9BYB0 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.58■■■■□ 3.13
SHANK3Q9BYB0 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.57■■■■□ 3.12
SHANK3Q9BYB0 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC34.57■■■■□ 3.12
SHANK3Q9BYB0 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC34.57■■■■□ 3.12
SHANK3Q9BYB0 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.12
SHANK3Q9BYB0 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.56■■■■□ 3.12
SHANK3Q9BYB0 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.55■■■■□ 3.12
SHANK3Q9BYB0 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.55■■■■□ 3.12
SHANK3Q9BYB0 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC34.55■■■■□ 3.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.9 ms