Protein–RNA interactions for Protein: P28481

Col2a1, Collagen alpha-1(II) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,487 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col2a1P28481 Serpinb6a-201ENSMUST00000017188 1504 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Col2a1P28481 Yrdc-201ENSMUST00000102628 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Col2a1P28481 Galnt10-202ENSMUST00000108846 1745 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Col2a1P28481 AC117232.3-201ENSMUST00000217817 338 ntTSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
Col2a1P28481 Anapc11-202ENSMUST00000093140 962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Col2a1P28481 Pdss1-201ENSMUST00000053729 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
Col2a1P28481 Gm17110-201ENSMUST00000171248 735 ntTSL 3 BASIC28.65■■■□□ 2.18
Col2a1P28481 Cnot6l-203ENSMUST00000122003 2089 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
Col2a1P28481 Fam3c-201ENSMUST00000081288 1487 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
Col2a1P28481 Ankrd60-202ENSMUST00000119453 1084 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.17
Col2a1P28481 Yars2-201ENSMUST00000059955 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Col2a1P28481 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
Col2a1P28481 Gm5987-201ENSMUST00000196433 1151 ntBASIC28.61■■■□□ 2.17
Col2a1P28481 Nrg3-202ENSMUST00000168810 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
Col2a1P28481 Stard10-202ENSMUST00000163799 1723 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
Col2a1P28481 Fam241a-201ENSMUST00000057198 1607 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
Col2a1P28481 Rundc3a-203ENSMUST00000107103 1822 ntTSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
Col2a1P28481 Slc16a8-201ENSMUST00000039752 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
Col2a1P28481 Pfdn2-202ENSMUST00000135941 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
Col2a1P28481 1110065P20Rik-201ENSMUST00000106190 968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
Col2a1P28481 Aspscr1-201ENSMUST00000026135 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Col2a1P28481 1700084E18Rik-202ENSMUST00000205624 729 ntBASIC28.53■■■□□ 2.16
Col2a1P28481 Hsd17b11-201ENSMUST00000031251 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Col2a1P28481 Raly-201ENSMUST00000029120 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
Col2a1P28481 Tor1a-201ENSMUST00000028200 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Col2a1P28481 Gas7-203ENSMUST00000108681 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
Col2a1P28481 Rbmxl2-201ENSMUST00000098135 1472 ntAPPRIS P1 BASIC28.51■■■□□ 2.16
Col2a1P28481 Mxd4-202ENSMUST00000119171 1160 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Col2a1P28481 Snx3-203ENSMUST00000105500 753 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
Col2a1P28481 Gfra4-203ENSMUST00000110234 600 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
Col2a1P28481 Gfra4-204ENSMUST00000110235 573 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
Col2a1P28481 Dda1-209ENSMUST00000147642 1865 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
Col2a1P28481 Zxdc-201ENSMUST00000045740 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Col2a1P28481 Ric1-206ENSMUST00000162184 2157 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Col2a1P28481 Hspb1-202ENSMUST00000111155 930 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Col2a1P28481 Pm20d2-202ENSMUST00000119167 1339 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Col2a1P28481 Mapkap1-201ENSMUST00000113123 1530 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
Col2a1P28481 Tspan33-201ENSMUST00000046750 1994 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
Col2a1P28481 Gm28052-201ENSMUST00000150388 380 ntTSL 3 BASIC28.45■■■□□ 2.14
Col2a1P28481 Fam120aos-201ENSMUST00000180775 1780 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Col2a1P28481 Rundc3a-204ENSMUST00000107105 1861 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Col2a1P28481 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Col2a1P28481 Tpst1-201ENSMUST00000040721 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Col2a1P28481 Fam149b-202ENSMUST00000051915 1981 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
Col2a1P28481 Flt3l-211ENSMUST00000211429 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Col2a1P28481 St3gal5-201ENSMUST00000069994 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Col2a1P28481 Stau2-210ENSMUST00000149320 2214 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
Col2a1P28481 Gm7432-201ENSMUST00000210343 879 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
Col2a1P28481 Ell2-205ENSMUST00000222194 434 ntTSL 3 BASIC28.41■■■□□ 2.14
Col2a1P28481 Ppa2-201ENSMUST00000029644 1226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Col2a1P28481 Sys1-201ENSMUST00000072452 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Col2a1P28481 1810049J17Rik-201ENSMUST00000180521 462 ntAPPRIS P1 BASIC28.4■■■□□ 2.14
Col2a1P28481 Gm19582-201ENSMUST00000187511 841 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
Col2a1P28481 Snrpe-202ENSMUST00000164574 597 ntTSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.13
Col2a1P28481 Kcmf1-204ENSMUST00000204598 1743 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
Col2a1P28481 A730013G03Rik-202ENSMUST00000195012 2097 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
Col2a1P28481 Dmwd-201ENSMUST00000032570 2494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Col2a1P28481 Tsen34-211ENSMUST00000205287 1375 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
Col2a1P28481 Cldn10-203ENSMUST00000100314 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Col2a1P28481 Slc16a6-203ENSMUST00000070872 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Col2a1P28481 E130102H24Rik-201ENSMUST00000144604 741 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Col2a1P28481 A030003K21Rik-201ENSMUST00000222600 830 ntAPPRIS P1 BASIC28.36■■■□□ 2.13
Col2a1P28481 E2f5-202ENSMUST00000165922 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
Col2a1P28481 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Col2a1P28481 Tmem200b-201ENSMUST00000094666 1370 ntAPPRIS P1 BASIC28.35■■■□□ 2.13
Col2a1P28481 1700003F12Rik-202ENSMUST00000109709 704 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
Col2a1P28481 1700003F12Rik-201ENSMUST00000045116 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Col2a1P28481 Itpka-201ENSMUST00000028758 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Col2a1P28481 Rnf220-212ENSMUST00000221654 1949 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Col2a1P28481 B4galt7-202ENSMUST00000100764 2195 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Col2a1P28481 Ccdc122-201ENSMUST00000048208 1721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Col2a1P28481 Traf4-201ENSMUST00000017530 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Col2a1P28481 Aspscr1-202ENSMUST00000103016 1689 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
Col2a1P28481 Dpf1-204ENSMUST00000108231 2040 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
Col2a1P28481 C2cd4b-201ENSMUST00000171652 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Col2a1P28481 Gm11599-201ENSMUST00000118720 878 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
Col2a1P28481 Gm30023-201ENSMUST00000197970 889 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
Col2a1P28481 B230208H11Rik-201ENSMUST00000180529 1112 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Col2a1P28481 Tada2b-202ENSMUST00000119916 1321 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
Col2a1P28481 Mat2b-201ENSMUST00000040167 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Col2a1P28481 Dapk3-201ENSMUST00000047665 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
Col2a1P28481 Gm27021-201ENSMUST00000181333 758 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.25■■■□□ 2.11
Col2a1P28481 Rtn4r-201ENSMUST00000059589 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Col2a1P28481 Fank1-204ENSMUST00000209511 1392 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
Col2a1P28481 Terf2-201ENSMUST00000068388 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Col2a1P28481 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
Col2a1P28481 Pcbd2-201ENSMUST00000021958 544 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Col2a1P28481 Dazap1-203ENSMUST00000105362 2081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Col2a1P28481 Pcf11-205ENSMUST00000208255 1720 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
Col2a1P28481 Wt1-209ENSMUST00000213301 1554 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Col2a1P28481 Odc1-201ENSMUST00000171737 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Col2a1P28481 Lmo4-201ENSMUST00000120539 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Col2a1P28481 Otulin-201ENSMUST00000059662 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Col2a1P28481 C130046K22Rik-201ENSMUST00000129780 727 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
Col2a1P28481 Mtor-201ENSMUST00000057580 1003 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
Col2a1P28481 Cdkn2b-201ENSMUST00000097981 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Col2a1P28481 Slc35a3-202ENSMUST00000120120 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Col2a1P28481 Cacfd1-204ENSMUST00000114006 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Col2a1P28481 Map2k7-207ENSMUST00000110999 1578 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Col2a1P28481 Gm17494-201ENSMUST00000072769 1800 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32.6 ms