Protein–RNA interactions for Protein: P28481

Col2a1, Collagen alpha-1(II) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,487 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col2a1P28481 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC45.14■■■■■ 4.82
Col2a1P28481 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC41.72■■■■■ 4.27
Col2a1P28481 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.05■■■■■ 4.16
Col2a1P28481 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC39.57■■■■□ 3.93
Col2a1P28481 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC39.18■■■■□ 3.86
Col2a1P28481 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.85■■■■□ 3.81
Col2a1P28481 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC38.79■■■■□ 3.8
Col2a1P28481 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.24■■■■□ 3.71
Col2a1P28481 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.18■■■■□ 3.7
Col2a1P28481 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.14■■■■□ 3.7
Col2a1P28481 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC37.75■■■■□ 3.63
Col2a1P28481 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC37.71■■■■□ 3.63
Col2a1P28481 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.63■■■■□ 3.61
Col2a1P28481 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.53■■■■□ 3.6
Col2a1P28481 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.85■■■■□ 3.49
Col2a1P28481 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.8■■■■□ 3.48
Col2a1P28481 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC36.62■■■■□ 3.45
Col2a1P28481 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.5■■■■□ 3.43
Col2a1P28481 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC36.42■■■■□ 3.42
Col2a1P28481 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC36.34■■■■□ 3.41
Col2a1P28481 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
Col2a1P28481 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC36.16■■■■□ 3.38
Col2a1P28481 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
Col2a1P28481 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.07■■■■□ 3.37
Col2a1P28481 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.06■■■■□ 3.36
Col2a1P28481 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36■■■■□ 3.35
Col2a1P28481 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC35.99■■■■□ 3.35
Col2a1P28481 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC35.94■■■■□ 3.34
Col2a1P28481 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.86■■■■□ 3.33
Col2a1P28481 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.82■■■■□ 3.32
Col2a1P28481 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.78■■■■□ 3.32
Col2a1P28481 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
Col2a1P28481 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC35.74■■■■□ 3.31
Col2a1P28481 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.59■■■■□ 3.29
Col2a1P28481 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC35.59■■■■□ 3.29
Col2a1P28481 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC35.56■■■■□ 3.28
Col2a1P28481 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
Col2a1P28481 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC35.25■■■■□ 3.23
Col2a1P28481 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.03■■■■□ 3.2
Col2a1P28481 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.86■■■■□ 3.17
Col2a1P28481 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.83■■■■□ 3.17
Col2a1P28481 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC34.81■■■■□ 3.16
Col2a1P28481 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.8■■■■□ 3.16
Col2a1P28481 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC34.7■■■■□ 3.15
Col2a1P28481 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.68■■■■□ 3.14
Col2a1P28481 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC34.66■■■■□ 3.14
Col2a1P28481 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC34.65■■■■□ 3.14
Col2a1P28481 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
Col2a1P28481 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC34.6■■■■□ 3.13
Col2a1P28481 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.53■■■■□ 3.12
Col2a1P28481 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.42■■■■□ 3.1
Col2a1P28481 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.37■■■■□ 3.09
Col2a1P28481 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC34.31■■■■□ 3.08
Col2a1P28481 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC34.25■■■■□ 3.07
Col2a1P28481 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC34.15■■■■□ 3.06
Col2a1P28481 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
Col2a1P28481 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.05■■■■□ 3.04
Col2a1P28481 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC34.01■■■■□ 3.04
Col2a1P28481 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC34■■■■□ 3.03
Col2a1P28481 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC34■■■■□ 3.03
Col2a1P28481 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
Col2a1P28481 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
Col2a1P28481 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.9■■■■□ 3.02
Col2a1P28481 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
Col2a1P28481 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC33.85■■■■□ 3.01
Col2a1P28481 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.73■■■□□ 2.99
Col2a1P28481 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
Col2a1P28481 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC33.71■■■□□ 2.99
Col2a1P28481 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.68■■■□□ 2.98
Col2a1P28481 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
Col2a1P28481 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC33.65■■■□□ 2.98
Col2a1P28481 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC33.61■■■□□ 2.97
Col2a1P28481 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC33.61■■■□□ 2.97
Col2a1P28481 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC33.56■■■□□ 2.96
Col2a1P28481 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
Col2a1P28481 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC33.55■■■□□ 2.96
Col2a1P28481 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC33.55■■■□□ 2.96
Col2a1P28481 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
Col2a1P28481 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
Col2a1P28481 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
Col2a1P28481 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.41■■■□□ 2.94
Col2a1P28481 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
Col2a1P28481 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC33.36■■■□□ 2.93
Col2a1P28481 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
Col2a1P28481 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.93
Col2a1P28481 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC33.32■■■□□ 2.92
Col2a1P28481 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
Col2a1P28481 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC33.21■■■□□ 2.91
Col2a1P28481 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
Col2a1P28481 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
Col2a1P28481 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC33.17■■■□□ 2.9
Col2a1P28481 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
Col2a1P28481 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
Col2a1P28481 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC33.11■■■□□ 2.89
Col2a1P28481 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
Col2a1P28481 Svbp-202ENSMUST00000097908 832 ntTSL 2 BASIC33.07■■■□□ 2.88
Col2a1P28481 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC33.02■■■□□ 2.88
Col2a1P28481 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
Col2a1P28481 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC32.98■■■□□ 2.87
Col2a1P28481 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC32.97■■■□□ 2.87
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 8.4 ms