Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC23.69■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 C1QTNF1-201ENST00000311661 2624 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.1 ms