Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 RBM26-207ENST00000622611 5230 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC22■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC22■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 ADAMTS19-205ENST00000638972 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 MARK1-203ENST00000402574 5273 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC42Q96M95 SPTBN4-207ENST00000595535 6105 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.2 ms