Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.9 ms