Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 KIF26A-202ENST00000423312 5649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 C3orf70-201ENST00000335012 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 MYO15B-232ENST00000610510 9195 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 FMN2-201ENST00000319653 6434 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
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