Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 QKI-203ENST00000361752 9463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC17.55■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC17.54■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
CHD3Q12873 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.54■□□□□ 0.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.7 ms