Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC21.01■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 LCN8-201ENST00000371688 867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC21■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC21■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC21■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC21■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC21■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC21■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC21■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC20.99■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC20.98■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC20.98■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.4 ms