Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
SDC1P18827 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
SDC1P18827 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
SDC1P18827 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
SDC1P18827 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
SDC1P18827 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
SDC1P18827 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
SDC1P18827 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
SDC1P18827 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
SDC1P18827 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
SDC1P18827 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
SDC1P18827 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
SDC1P18827 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
SDC1P18827 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
SDC1P18827 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
SDC1P18827 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
SDC1P18827 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
SDC1P18827 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
SDC1P18827 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
SDC1P18827 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC19.5■□□□□ 0.71
SDC1P18827 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
SDC1P18827 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC19.5■□□□□ 0.71
SDC1P18827 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
SDC1P18827 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
SDC1P18827 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
SDC1P18827 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
SDC1P18827 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
SDC1P18827 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
SDC1P18827 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
SDC1P18827 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
SDC1P18827 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
SDC1P18827 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
SDC1P18827 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
SDC1P18827 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC19.49■□□□□ 0.71
SDC1P18827 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
SDC1P18827 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
SDC1P18827 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
SDC1P18827 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
SDC1P18827 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
SDC1P18827 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
SDC1P18827 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
SDC1P18827 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
SDC1P18827 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
SDC1P18827 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
SDC1P18827 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
SDC1P18827 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
SDC1P18827 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
SDC1P18827 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
SDC1P18827 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
SDC1P18827 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
SDC1P18827 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
SDC1P18827 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
SDC1P18827 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
SDC1P18827 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
SDC1P18827 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC19.48■□□□□ 0.71
SDC1P18827 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
SDC1P18827 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
SDC1P18827 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
SDC1P18827 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
SDC1P18827 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
SDC1P18827 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
SDC1P18827 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
SDC1P18827 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDC1P18827 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDC1P18827 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDC1P18827 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDC1P18827 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDC1P18827 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDC1P18827 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDC1P18827 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDC1P18827 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDC1P18827 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDC1P18827 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDC1P18827 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDC1P18827 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDC1P18827 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDC1P18827 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC19.47■□□□□ 0.71
SDC1P18827 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDC1P18827 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDC1P18827 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDC1P18827 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDC1P18827 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDC1P18827 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC19.47■□□□□ 0.71
SDC1P18827 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDC1P18827 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDC1P18827 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
SDC1P18827 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
SDC1P18827 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
SDC1P18827 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
SDC1P18827 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
SDC1P18827 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
SDC1P18827 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
SDC1P18827 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
SDC1P18827 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
SDC1P18827 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
SDC1P18827 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
SDC1P18827 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC19.46■□□□□ 0.71
SDC1P18827 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC19.46■□□□□ 0.71
SDC1P18827 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC19.46■□□□□ 0.71
SDC1P18827 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.2 ms