Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.2 ms