Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 GNA12-201ENST00000275364 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 FAM206A-201ENST00000322940 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 MCC-208ENST00000514701 2855 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 FOXL2-201ENST00000330315 2917 ntAPPRIS P1 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC23.59■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.3 ms